Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Annuqayah Universitas Annuqayah merupakan bagian dari pengembangan kelembagaan di bawah naungan Yayasan Annuqayah. Fakultas ini berawal dari Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) yang menaungi tiga program studi, yaitu Matematika, Biologi, dan Kimia.
Seiring perubahan bentuk institusi menjadi Institut Sains dan Teknologi Annuqayah (IST Annuqayah) pada tahun 2018, kemudian meningkat statusnya menjadi Universitas Annuqayah berdasarkan SK Kemdikbudristek RI Nomor 979/E/0/2023 pada 20 Desember 2023, fakultas ini terus berkembang mengikuti kebutuhan akademik dan keilmuan.
Pada tahun 2025, berdasarkan Keputusan Rektor Nomor 456/071116.036/KEP/I.0/A/2025, FMIPA resmi berubah nama menjadi Fakultas Sains dan Lingkungan dengan penambahan program studi baru, yaitu Teknologi Hasil Pertanian dan Sains Lingkungan, sehingga saat ini memiliki lima program studi: Matematika, Biologi, Kimia, Teknologi Hasil Pertanian, dan Sains Lingkungan.
Perkembangan fakultas ini tidak lepas dari peran Pondok Pesantren Annuqayah sebagai lembaga pendidikan yang telah berdiri sejak 1887. Dengan visi keilmuan yang inklusif—terinspirasi dari tradisi intelektual yang tidak membedakan antara ilmu keagamaan dan ilmu umum—Annuqayah terus mendorong integrasi ilmu pengetahuan dalam pengembangan pendidikan tinggi yang adaptif dan berkelanjutan.